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      石河子大學學報(自然科學版)

      2020, v.38(03) 325-330

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      桑葚轉錄組SNP/Indel位點的挖掘及功能注釋
      Detection SNP/Indel and function annotation of mulberry fruit transcriptome

      王暉;謝巖;高玉軍;李季生;王彬彬;高妍夏;

      摘要(Abstract):

      單核苷酸多態性(SNP)/插入缺失(Indel)作為基因組中最豐富的變異位點,已成為農作物中最重要的輔助育種標記。桑葚是一種營養價值較高的水果,目前果桑品種選育方法仍然以傳統育種方法為主,缺乏足夠的SNP/Indel標記。本研究對3個時期"安葚"果實進行轉錄組測序,鑒定并分析桑葚轉錄組序列中SNP/Indel位點的特征,將含有SNP/Indel位點的Unigene通過GO、KOG/COG、KEGG數據庫進行比對。結果表明:轉換類型為SNP的主要類型。綠果期與黑果期轉換類型中以A/G型最多,顛換類型中以A/T型最多。紅果期轉換類型以C/T型最多,顛換類型中以A/T型最多。Indel片段的長度以1、2、3 bp為主,大于10 bp的缺失突變數量遠大于插入突變數量。分別有28 345、6 299、5 737條序列的功能在GO、KOG/COG、KEGG數據庫得到注釋。從KEGG注釋結果中篩選出122個與花青素、黃酮類合成相關且含有SNP/Indel標記的基因。果桑SNP/Indel標記數據庫將在品種的選育、鑒定方面展現良好的應用前景。

      關鍵詞(KeyWords): 桑葚;轉錄組;單核苷酸多態性;插入缺失;功能注釋

      Abstract:

      Keywords:

      基金項目(Foundation): 河北省科技計劃項目(16226322D);; 河北省自然科學基金-青年科學基金項目(C2018406033);; 承德醫學院青年基金項目(201823);; 承德醫學院院級科研項目(201420)

      作者(Author): 王暉;謝巖;高玉軍;李季生;王彬彬;高妍夏;

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      DOI:

      參考文獻(References):

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